Затылочная кость имеет двойное эмбриологическое происхождение: базилярная и латеральные части имеют хрящевое происхождение, а чешуя затылочной кости — перепончатое (мембранозное). Таким образом, затылочная кость участвует в формировании основания и свода черепа. Пренатально затылочная кость состоит из 4 частей: латеральные части (2 ядра окостенения), чешуя супраокципитальной части затылочной кости (2 ядра окостенения), 2 мыщелка (в каждом по одному ядру окостенения) и базилярная часть (2 ядра окостенения). Все части кости соединяются хрящом.
Примерно к 5-6 годам происходит сращение чешуи и латеральных частей затылочной кости. В 7 лет происходит слияние мыщелков и базилярной части затылочной кости. В это же время завершается формирование канала подъязычного нерва.